Dall'intestino dipende buona parte della salute dell'intero organismo. La sua unità funzionale è l'ecosistema intestinale formato dalla flora batterica, dal sistema nervoso enterico autonomo, dalla mucosa intestinale e dal sistema linfatico. E' composto dall'intestino tenue (che comprende il duodeno) e dal colon. Nel duodeno diverse secrezioni, prodotte dal fegato, scompongono il cibo a livello molecolare. Nell'intestino tenue avviene la digestione, una serie di trasformazioni fisiche e chimiche cui il cibo viene sottoposto.

Le sostanze nutritive introdotte con gli alimenti vengono scomposte a livello dell'intestino tenue, ad opera di enzimi, in unità più piccole e a struttura chimica ben definita. Il glucosio  (a partire dai carboidrati), gli amminoacidi (a partire dalle proteine), gli acidi grassi e il glicerolo (a partire dai grassi alimentari), vengono assorbiti dall'intestino per poi passare nel circolo sanguigno. Queste molecole, superata la barriera intestinale, vengono trasportate in circolo, legate a perticolari "carriers", verso i vari organi per la loro utilizzazione. In particolare vengono trasportati al fegato, ove avviene la loro metabolizzazione.
Il colon è la sede principale della flora intestinale che risulta composta principalmente da microrganismi di origine batterica. Questi batteri (streptococchi, lattobacilli, bifidobatteri, enteobatteri coliformi, clostridi, batterioidi), vivono in perfetta sintonia tra di loro, con l'organismo che li ospita e intervengono in differenti processi fisiologici:

• controllano le funzioni metaboliche che avvengono nell'intestino;
• hanno una funzione da antibiotico naturale che impedisce l'insediamento e lo sviluppo di virus, batteri patogeni e miceti;
• stimolano costantemente i fisiologici meccanismi di difesa immunitaria;
• hanno un'azione preventiva sulla formazione di tumori dell'intestino attraverso la decomposizione di alcuni cancerogeni come le nitrasammine;
• controllano la motilità del canale intestinale;
• hanno una funzione protettrice sulla mucosa urogenitale;
• sintetizzano vitamine, in particolare quelle del gruppo B.